Софья хотела править дольше, она могла бы в любой момент устроить новый стрелецкий бунт благодаря связям (а у Петра из за Стрелецкого бунта как раз начались психологические отклонения)
Поэтому чтобы Софья не мешала ему, Пётр устранил ее от власти.
В самом начале, Софья была решентшей при Петре и Федоре. Когда Пётр вырос он не хотел чтобы кто-то управлял вместо него. Он поднял стрельцов и приказал всем "приклониться" перед ним. Заключив Софью в монастырь он огородил себя от её попыток вернуть себе царствование
